Kurz nach der Eingemeindung von Wollishofen in die Stadt Zürich im Jahr 1893, begannen eigene pfarreiliche Aktivitäten der Wollishofer Katholiken.
Ein Religionsunterricht wurde eingeführt und gesellige Anlässe organisiert.
Ihre erste Messe feierten sie 1901 in einer Notkapelle, dem damaligen “Wöschhüsli”.
1911 gab es schon 700 Katholiken in Wollishofen und der Wunsch nach einer eigenen Kirche wurde immer lauter.
Am 23. September 1928 konnte nach 12 Monaten Bauzeit die Kirchweihe durch Bischof Georgius Schmid von Grüneck vorgenommen werden.
Zwar waren die Altäre noch nicht vorhanden, die Sakristei noch nicht vollendet und die Wände weitgehend kahl – doch Girlanden und Tannenschmuck verdeckten, was noch nicht fertig war.
Auch dem Turm fehlten noch die Glocken.
Drei Monate nach der Einweihung, am Weihnachtsfest 1928, kam es zur Ablösung der Mutterpfarrei St. Peter und Paul in Zürich.
Damit entstand die eigenständige Pfarrei St. Franziskus in Zürich-Wollishofen.
Am 25. Oktober 1952 erhielt der Turm endlich seine Glocken.
In den Siebzigerjahren hatte man den Eindruck, die Kirche müsse umgebaut, renoviert werden.
In der Baukommission gingen die Meinungen weit auseinander; vom Abbrechen und Neuaufbau bis zur einfachen Renovation, wurde alles in Betracht gezogen.
1973 wurden schliesslich nicht nur Mängel technischer Art und altersbedingte Mängel behoben, sondern der gesamte Raum “umorganisiert”. Das Ziel war ein “nutzungsneutraler Raum”, der sich je nach Notwendigkeiten, den jeweiligen Bedürfnissen anpassen liess.
Im Jahr 2004 erfolgte eine weitere Renovation der Pfarrkirche. Dort wurde die Betonung der Wegkirche wieder aufgenommen.
Am 21. November 2004 weihte Bischof Amédée Grab OSB, die liturgischen Orte und den Altar neu ein.
